1.精卵老化导致胚胎的发育不良
精卵老化造成胚胎发育不良，这是自然流产的最重要也最常见的原因。
生命并不是一次性爱的一蹴而就，一个健康聪明的小生命，需要精子和卵子在鲜活时结合。但是精子和卵子都存在老化机制，如果没有抓住排卵日，精子在输卵管内等待超过了48个小时，卵子才姗姗来迟，或者卵子排出了18小时之后，精子才匆匆赶到，那么精卵就失去受精能力，不会再结合。而如果精子和卵子在勉强有受精能力的时候结合，这时虽然会受精，甚至受精卵也会种植发育成胚胎，但是由于精卵的质量受损，会导致DNA损伤，出现分裂时的易位、重复、缺失、不分离等遗传异常，胚胎的质量也不好，而身体的自然机制作用下就会使这些严重不良的胚胎被淘汰，于是自然流产便发生了。此外，精子过久的“养精蓄锐”的老化，卵子随着女性年龄增大的老化，也会导致胚胎的发育不良，从而发生自然流产。
因此，试孕一定要在准确把握排卵日之后进行，让精卵在鲜活时结合，这也是优生的关键。而生活中你可以通过基础体温监测、宫颈粘液观察、排卵试纸以及B超监测排卵等来把握自己准确的排卵规律。
2.备孕一方或双方存在染色体异常，遗传给胎儿
如果父母一方或双方存在染色体异常，就会通过遗传导致胎儿出现染色体异常。染色体是遗传基因的载体，任何数目异常和结构改变，比如缺失、重复、倒位和易位等，都可引起遗传物质的不平衡，而导致染色体病的发生或者流产停育。
许多统计资料表明，50.4％的自然流产是由于胎儿染色体异常造成的。当然胎儿染色体异常不尽是父母遗传造成的，精卵老化、环境致畸因素等等也可能造成。
因此，当自然流产发生后，应该把流出的胚胎组织送检，以发现是否存在染色体异常，而在下一次备孕前，夫妻的染色体是非常有必要检查的。对于存在正常精子的遗传病患者或携带者，通过提高精子的总体质量，藉由正常的生殖道淘汰，增加正常精子受精的可能性，以避免后代的染色体异常。但是，对于女性来说，利用人体的自然淘汰获得正常的优势卵泡的难度更大一些。
在习惯性流产中，近年来还有一个热点的染色体问题，就是大Y小Y，比较容易导致习惯性流产、停育、出生缺陷和睾丸发育不良、无精症等疾病。尤其是以大Y多见。Y染色体主要与男性发育和功能有关，Y染色体异常可导致男性生育能力下降、反复流产或不育。
大Y在习惯性流产的夫妇中，发生率的报道从15％～25％不等，要比平衡易位要多。小Y的报道比较少。
男性携带有大Y或者小Y，有一部分人容易导致反复流产的不育，而家族性的大Y或者小Y，一般不影响生育，在备孕男性检查出大Y后，可以让备孕男性的父亲做检查，如果父亲做了染色体检查，没有相应的大Y或者小Y，说明老公的大Y或者小Y，是在精子细胞形成过程中变异形成的，那么就会影响生育。
对于大Y小Y导致的习惯性流产，可以控制性别生育女孩，现在这种技术已经比较成熟，怀上女孩就不会导致流产了。
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